L'aquari es troba dins d'una cova natural amb una extensió aproximada d'uns 370 m2, a la qual s'han practicat cinc entrades d'aigua distribuïdes en diferents punts de la gruta per tal que la circulació i renovació de l'aigua sigui constant.

La superfície del llac és d'uns 300 m2 dividits en dues parts. En ells podem trobar la majoria dels animals que habiten al centre, separats en funció de la seva compatibilitat. A banda, hi ha fins a sis peixeres amb volums compresos entre 150 i 5000 litres distribuïdes per la cova, on viuen altres espècies de menor talla.

Els visitants de l'aquari poden trobar una interessant mostra de les principals espècies de la mediterrània eivissenc. A part dels animals vius, es pot observar també la nostra col·lecció de mostres, en la qual podem trobar exemplars d'ous de tauró, esponges de mar, gasteròpodes, bivalves i altres invertebrats marins.