El acuario se encuentra dentro de una cueva natural con una extensión aproximada de unos 370 m2, en la cual se han practicado cinco entradas de agua distribuidas en distintos puntos de la gruta a fin que la circulación y renovación del agua sea constante.
La superficie del lago es de unos 300 m2 divididos en dos partes. En ellos podemos encontrar la mayoría de los animales que habitan en el centro, separados en función de su compatibilidad. A parte, existen hasta seis peceras con volúmenes comprendidos entre 150 y 5000 litros distribuidas por la cueva, donde viven otras especies de menor talla.
Los visitantes del acuario pueden encontrar una interesante muestra de las principales especies del mediterráneo ibicenco. A parte de los animales vivos, se puede observar también nuestra colección de muestras, en la cual podemos encontrar ejemplares de huevos de tiburón, esponjas de mar, gasterópodos, bivalvos y otros invertebrados marinos.